O PRINCIPAL AEROPORTO QUE SERVE SÃO FRANCISCO, O AEROPORTO INTERNACIONAL DE SÃO FRANCISCO ESTÁ LOCALIZADO A 12,9 QUILÔMETROS SUL DE SÃO FRANCISCO, NO CONDADO DE SAN MATEO, EM UMA ÁREA ANTERIORMENTE OCUPADA POR UM ATERRO SANITÁRIO. É UM DOS DOIS GRANDES CENTROS AEROPORTUÁRIOS DA CALIFÓRNIA, SENDO O OUTRO O AEROPORTO INTERNACIONAL DE LOS ANGELES, LOCALIZADO EM LOS ANGELES. O AEROPORTO INTERNACIONAL DE SÃO FRANCISCO É UM DOS PRINCIPAIS HUBS DA UNITED AIRLINES. DURANTE O FINAL DA DÉCADA DE 1990, O AEROPORTO INTERNACIONAL DE SÃO FRANCISCO CHEGOU A SER O SEXTO AEROPORTO COMERCIAL MAIS MOVIMENTADO DO MUNDO, MAS COM A DEPRESSÃO ECONÔMICA DOS ANOS 2000 E 2001, CAIU FORA DA LISTA DOS 10 MAIS MOVIMENTADOS EM 2003. A BART CONECTA O AEROPORTO COM A CIDADE, BEM COMO UMA VIA EXPRESSA.